Reiki’nin öyküsü Mart 1922’de, Japonya, Kyoto’da Mikao Usui’nin (1865-1926) Kurama Dağı’nda yaşadığı 21 günlük bir ruhsal deneyim (içe dönme-meditasyon) sonucu, evrende varlığını farkettiği enerjinin bir şifa enerjisi olduğunu anlamasıyla başlamıştır.. Dr Mikao Usui , deneyimlediği bu şifa enerjisine Reiki adını verir. Dr Usui, Nisan 1922‘de Tokyo’da “Usui Reiki Ryoha Gakkai” isimli bir organizasyon kurar. Burada hem şifa verir, hem de şifa verici öğrenciler yetiştirir. Yaklaşık 2000 öğrencisi olduğu ve bunların içinden16 üstad-master yetiştirdiği söylenmektedir. Eylül 1923’de yaşanan büyük Kanto depreminde Reiki şifasını kullanarak öğrencileriyle birlikte insanlara yardım eder. Bu yüzden Japon İmparatoru tarafından onurlandırılır. M. Usui’nin Mart 1926’da ölümünden sonra onun yetiştirdiği hocalardan biri olan
Dr. Hayashi (1879-1940), Reiki şifa çalışmalarına devam eder. Dr. Chujiro Hayashi Tokyo’da kendi Reiki Şifa Kliniğini açar ve 13 tane master yetiştirir.
Japon asıllı bir Amerikalı olan Bayan HawayoTakata (1900-1980), 1935 yılında Hawaii’den bu kliniğe ciddi hastalıkları için tedavi olmaya gelir. İyileşir ve Reiki öğrenir. Hawaii’ye döner dönmez orada Reiki şifa uygulamaları yapmaya başlar. 1938 yılında Hawaii’de ziyaretine gelen Hayashi onu Reiki Master yapar. Dr. Hayashi’nin ölümünün ardından Bayan Takata şifa çalışmalarına devam eder ve 1970-80 yılları arasında 22 master yetiştirir. Batıdaki Reiki uygulayıcılarının büyük çoğunluğu bu 22 master’ın öğrencileridir. Bayan Takata, Reiki’nin batıda yaygınlaşmasını sağlamıştır. Böylece Reiki enerjisi tüm dünyaya yayılır.